استفاده از ابزارهای بیوانفورماتیکی برای مطالعه پروتئین مایوستاتین

Authors

علی دیناری

دانشجوی دکترایِ گروه نانو بیوتکنولوژی، دانشکده علوم زیستی، دانشگاه تربیت مدرس تهران، تهران سیده نسیم طباطبایی پور

دانش آموخته یِ کارشناسی ارشد گروه بیوتکنولوژی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شاهد تهران، تهران علیرضا فتحی

استادیارِ گروه زیست شناسی، دانشکده علوم، دانشگاه آزاد اسلامی واحد شیراز، شیراز مرتضی هادی زاده

مدرس گروه کشاورزی، دانشگاه پیام نور، تهران

abstract

ژن مایوستاتین متعلق به خانواده فاکتورهای تمایز رشد (tgf-β) می­باشد که در رشد و نمو و بلوغ و به­طور اختصاصی در توسعه ماهیچه اسکلتی بالغ بیان می­شود. در این پژوهش با بهره­ گیری از نرم­افزارهای بیوانفورماتیکی، توالی­ اسیدآمینه­ای پروتئین مایوستاتین در گونه­های مختلف ازجمله گاو، گوسفند، بز، اسب، خوک، مرغ، بوقلمون، اردک، غاز، کبوتر، موش و انسان بررسی شد. در هم­ردیفی بخش پایانی پروتئین مایوستاتین (فرم فعال پروتئین مایوستاتین که به­صورت دایمر بیان می­شود)، درجه بالایی از حفاظت شدگی مشاهده شد، به­طوری­که نوسان تغییرات در این بخش نسبت به سایر قسمت‏های توالی پروتئینی، کمترین مقدار ممکن بود. با استفاده از سایت­های تخصصی proteus و phyre2 ساختارهای ثانویه­ای از قبیل مارپیچ آلفا، صفحات بتا و ساختار سه بعدی پروتئین مایوستاتین مورد بررسی قرار گرفت. اسیدآمینه­های لوسین، لیزین، ایزولوسین و گلوتامیک اسید در گاو و گوسفند و بز فراوانی یکسانی را نشان دادند اما در مقایسه با ماکیان مانند مرغ، فراوانی بیشتری داشتند. حال آن­که فراوانی این اسیدآمینه­ها در توالی پروتئینی مایوستاتین انسان و خوک متوسط بود. بررسی درخت فیلوژنی نشان داد که تفاوت در توالی اسیدآمینه­ای مایوستاتین در بین گونه­های یاد شده باعث قرار گرفتن پرندگان در گروهی جدا شده از پستانداران شده است. بررسی ساختار سه بعدی نشان داد که ژن مایوستاتین دارای حفاظت شدگی بالایی در گونه ‏ها است.

Upgrade to premium to download articles

Sign up to access the full text

Already have an account?login

similar resources

مطالعه بیوانفورماتیکی توالی‌های پروتئین آلیناز در گیاهان

آلیناز (EC 4.4.1.4) آنزیمی وابسته به پیریدوکسال فسفات است که تبدیل آلین به آلیسین را انجام می‌دهد. آلیسین ترکیبی ارگانوسولفوره با ویژگی‌های ضد‌میکروبی، ضد‌سرطانی، ضد‌دیابتی و آنتی‌اکسیدانی است. مطالعه بر روی آلیناز و درک چگونگی تنظیم تولید آلیسین برای تولید در محل آن جهت مصارف کلنیکی ضروری است. در این مطالعه، توالی‌های پروتئین آلیناز گیاهی از سایت ExPASy و NCBI دریافت‌شدند و با ClustalW همردیفی...

full text

شناسایی، توالی یابی و بررسی ویژگی های ایمونولوژیک یک پروتئین سطحی اختصاصی acinetobacter baumannii با استفاده از ابزارهای بیوانفورماتیکی

acinetobacter baumannii یک باکتری گرم منفی، غیر متحرک و هوازی اجباری است که به عنوان پاتوژن بیمارستانی شناخته شده و غالباً مقاوم به انواع آنتی بیوتیک هاست. این باکتری همچنین به عنوان یک عامل مهم شیوع و مرگ ومیر در بیمارستان ها مخصوصاً در میان بیماران دارای نقص ایمنی شناسایی شده است. کنترل و درمان عفونت ناشی از آن به دلیل توانایی پاتوژن برای مقاومت به انواع آنتی بیوتیک ها و زنده ماندن در شرایط محی...

پیشگویی تغییرات کنفورماسیونی پروتئین HBsAg در بیماران ایرانی مبتلا به عفونت نهفته هپاتیت B به کمک ابزارهای بیوانفورماتیکی

عفونت نهفته بیماری هپاتیت B به عنوان عفونت با DNA HBV قابل شناسایی و آنتی‏ژن سطحی HbsAg غیرقابل شناسایی در خون بیماران است. عقیده بر این است که شناسایی ویروس هپاتیت B به وسیله میزبان در منطقه a از آنتی ژن سطحی (HBSAg) انجام می‏شود. اما به دلیل فقدان ساختار سه بعدی HBsAg، مدرکی برای این فرضیه وجود ندارد. پیشگویی ساختار سه بعدی توالی موتان یافته و وحشی از توالی اولیه، تغییرات ساختاری را آشکار می‏...

full text

بررسی نقش احتمالی BAX Inhibitor 1 در تحمل به شوری با استفاده از ابزارهای بیوانفورماتیکی و آزمایشگاهی

تنش شوری یکی از مهمترین عوامل کاهش عملکرد گیاهان زراعی در سراسر جهان می‌باشد. مرگ سلولی برنامه ریزی شده نقش مهمی در سازگاری به تنش‌های محیطی ایفا می‌کند. درک مبانی مولکولی مکانیسم این فرآیند، امکان دستورزی ژنتیکی هدفمند گیاهان در جهت تحمل به تنش‌های محیطی را فراهم می‌کند. یک تنظیم کننده کاندید برای چنین مکانیسمی BAX Inhibitor 1 است. در این پژوهش، نقش احتمالی ژن رمز کننده BAX Inhibitor 1-like pr...

full text

پیشگویی تغییرات کنفورماسیونی پروتئین hbsag در بیماران ایرانی مبتلا به عفونت نهفته هپاتیت b به کمک ابزارهای بیوانفورماتیکی

عفونت نهفته بیماری هپاتیت b به عنوان عفونت با dna hbv قابل شناسایی و آنتی‏ژن سطحی hbsag غیرقابل شناسایی در خون بیماران است. عقیده بر این است که شناسایی ویروس هپاتیت b به وسیله میزبان در منطقه a از آنتی ژن سطحی (hbsag) انجام می‏شود. اما به دلیل فقدان ساختار سه بعدی hbsag، مدرکی برای این فرضیه وجود ندارد. پیشگویی ساختار سه بعدی توالی موتان یافته و وحشی از توالی اولیه، تغییرات ساختاری را آشکار می‏...

full text

طراحی بیوانفورماتیکی پروتئین گیرنده IFN-α/βنوترکیببرای مقابله با اثرات آنتاگونیستی پروتئین VP35ویروس ابولا (Ebola)

پروتئین VP35 ویروس ابولا یکی از مهمترین ترکیبات بیماری‌زایی واکنش کننده با سلول‌های میزبان است که با پاسخ ایمنی‌زایی طبیعی سلول‌های بدن تداخل ایجاد می‌کند.VP35 این کار را با توانایی آنتاگونیستی خود که مانع از فعالیت فاکتور تنظیمی اینترفرون به نام پروتئین فاکتور ۳ (IRF-3) در سلول‌های آلوده به ویروس می‌شود انجام می‌دهد و القا بیان ژن‌های ضد ویروسی را مختل می‌کند. در مطالعه حاضر ما در فضای مجازی پ...

full text

My Resources

Save resource for easier access later


Journal title:
فن آوری زیستی در کشاورزی

جلد ۶، شماره ۲، صفحات ۴۵-۴۹

Hosted on Doprax cloud platform doprax.com

copyright © 2015-2023