استفاده از ابزارهای بیوانفورماتیکی برای مطالعه پروتئین مایوستاتین
Authors
abstract
ژن مایوستاتین متعلق به خانواده فاکتورهای تمایز رشد (tgf-β) میباشد که در رشد و نمو و بلوغ و بهطور اختصاصی در توسعه ماهیچه اسکلتی بالغ بیان میشود. در این پژوهش با بهره گیری از نرمافزارهای بیوانفورماتیکی، توالی اسیدآمینهای پروتئین مایوستاتین در گونههای مختلف ازجمله گاو، گوسفند، بز، اسب، خوک، مرغ، بوقلمون، اردک، غاز، کبوتر، موش و انسان بررسی شد. در همردیفی بخش پایانی پروتئین مایوستاتین (فرم فعال پروتئین مایوستاتین که بهصورت دایمر بیان میشود)، درجه بالایی از حفاظت شدگی مشاهده شد، بهطوریکه نوسان تغییرات در این بخش نسبت به سایر قسمتهای توالی پروتئینی، کمترین مقدار ممکن بود. با استفاده از سایتهای تخصصی proteus و phyre2 ساختارهای ثانویهای از قبیل مارپیچ آلفا، صفحات بتا و ساختار سه بعدی پروتئین مایوستاتین مورد بررسی قرار گرفت. اسیدآمینههای لوسین، لیزین، ایزولوسین و گلوتامیک اسید در گاو و گوسفند و بز فراوانی یکسانی را نشان دادند اما در مقایسه با ماکیان مانند مرغ، فراوانی بیشتری داشتند. حال آنکه فراوانی این اسیدآمینهها در توالی پروتئینی مایوستاتین انسان و خوک متوسط بود. بررسی درخت فیلوژنی نشان داد که تفاوت در توالی اسیدآمینهای مایوستاتین در بین گونههای یاد شده باعث قرار گرفتن پرندگان در گروهی جدا شده از پستانداران شده است. بررسی ساختار سه بعدی نشان داد که ژن مایوستاتین دارای حفاظت شدگی بالایی در گونه ها است.
similar resources
مطالعه بیوانفورماتیکی توالیهای پروتئین آلیناز در گیاهان
آلیناز (EC 4.4.1.4) آنزیمی وابسته به پیریدوکسال فسفات است که تبدیل آلین به آلیسین را انجام میدهد. آلیسین ترکیبی ارگانوسولفوره با ویژگیهای ضدمیکروبی، ضدسرطانی، ضددیابتی و آنتیاکسیدانی است. مطالعه بر روی آلیناز و درک چگونگی تنظیم تولید آلیسین برای تولید در محل آن جهت مصارف کلنیکی ضروری است. در این مطالعه، توالیهای پروتئین آلیناز گیاهی از سایت ExPASy و NCBI دریافتشدند و با ClustalW همردیفی...
full textشناسایی، توالی یابی و بررسی ویژگی های ایمونولوژیک یک پروتئین سطحی اختصاصی acinetobacter baumannii با استفاده از ابزارهای بیوانفورماتیکی
acinetobacter baumannii یک باکتری گرم منفی، غیر متحرک و هوازی اجباری است که به عنوان پاتوژن بیمارستانی شناخته شده و غالباً مقاوم به انواع آنتی بیوتیک هاست. این باکتری همچنین به عنوان یک عامل مهم شیوع و مرگ ومیر در بیمارستان ها مخصوصاً در میان بیماران دارای نقص ایمنی شناسایی شده است. کنترل و درمان عفونت ناشی از آن به دلیل توانایی پاتوژن برای مقاومت به انواع آنتی بیوتیک ها و زنده ماندن در شرایط محی...
پیشگویی تغییرات کنفورماسیونی پروتئین HBsAg در بیماران ایرانی مبتلا به عفونت نهفته هپاتیت B به کمک ابزارهای بیوانفورماتیکی
عفونت نهفته بیماری هپاتیت B به عنوان عفونت با DNA HBV قابل شناسایی و آنتیژن سطحی HbsAg غیرقابل شناسایی در خون بیماران است. عقیده بر این است که شناسایی ویروس هپاتیت B به وسیله میزبان در منطقه a از آنتی ژن سطحی (HBSAg) انجام میشود. اما به دلیل فقدان ساختار سه بعدی HBsAg، مدرکی برای این فرضیه وجود ندارد. پیشگویی ساختار سه بعدی توالی موتان یافته و وحشی از توالی اولیه، تغییرات ساختاری را آشکار می...
full textبررسی نقش احتمالی BAX Inhibitor 1 در تحمل به شوری با استفاده از ابزارهای بیوانفورماتیکی و آزمایشگاهی
تنش شوری یکی از مهمترین عوامل کاهش عملکرد گیاهان زراعی در سراسر جهان میباشد. مرگ سلولی برنامه ریزی شده نقش مهمی در سازگاری به تنشهای محیطی ایفا میکند. درک مبانی مولکولی مکانیسم این فرآیند، امکان دستورزی ژنتیکی هدفمند گیاهان در جهت تحمل به تنشهای محیطی را فراهم میکند. یک تنظیم کننده کاندید برای چنین مکانیسمی BAX Inhibitor 1 است. در این پژوهش، نقش احتمالی ژن رمز کننده BAX Inhibitor 1-like pr...
full textپیشگویی تغییرات کنفورماسیونی پروتئین hbsag در بیماران ایرانی مبتلا به عفونت نهفته هپاتیت b به کمک ابزارهای بیوانفورماتیکی
عفونت نهفته بیماری هپاتیت b به عنوان عفونت با dna hbv قابل شناسایی و آنتیژن سطحی hbsag غیرقابل شناسایی در خون بیماران است. عقیده بر این است که شناسایی ویروس هپاتیت b به وسیله میزبان در منطقه a از آنتی ژن سطحی (hbsag) انجام میشود. اما به دلیل فقدان ساختار سه بعدی hbsag، مدرکی برای این فرضیه وجود ندارد. پیشگویی ساختار سه بعدی توالی موتان یافته و وحشی از توالی اولیه، تغییرات ساختاری را آشکار می...
full textطراحی بیوانفورماتیکی پروتئین گیرنده IFN-α/βنوترکیببرای مقابله با اثرات آنتاگونیستی پروتئین VP35ویروس ابولا (Ebola)
پروتئین VP35 ویروس ابولا یکی از مهمترین ترکیبات بیماریزایی واکنش کننده با سلولهای میزبان است که با پاسخ ایمنیزایی طبیعی سلولهای بدن تداخل ایجاد میکند.VP35 این کار را با توانایی آنتاگونیستی خود که مانع از فعالیت فاکتور تنظیمی اینترفرون به نام پروتئین فاکتور ۳ (IRF-3) در سلولهای آلوده به ویروس میشود انجام میدهد و القا بیان ژنهای ضد ویروسی را مختل میکند. در مطالعه حاضر ما در فضای مجازی پ...
full textMy Resources
Save resource for easier access later
Journal title:
فن آوری زیستی در کشاورزیجلد ۶، شماره ۲، صفحات ۴۵-۴۹
Hosted on Doprax cloud platform doprax.com
copyright © 2015-2023